pod Cold Harbor jego korpus utworzył lewe skrzydło podczas nieudanego natarcia na linie konfederatów. W sierpniu awansował na generała brygady armii regularnej. W listopadzie doskwierać zaczęła mu otrzymana rok wcześniej rana w efekcie czego został urlopowany. Powróciwszy do służby oczekiwał, iż znów obejmie dowództwo nad II Korpusem – naczelne dowództwo zleciło mu jednak sformowanie nowego korpusu, a później postawiło na czele Środkowego Departamentu Wojskowego. Kolejnym zadaniem miał być marsz w kierunku Lynchburga by wziąć udział w kampanii przeciw wojskom generała Lee, jednak zanim dotarł na miejsce Richmond upadł, a Lee skapitulował.
Po wojnie mały|Hancock na plakacie wyborczym Po zabójstwie Abrahama Lincolna Hancocka przydzielono do nadzoru nad przeprowadzeniem egzekucji zamachowca. W lipcu 1866 roku mianowano go brevet generał majorem armii regularnej. Niedługo potem został naczelnikiem Departamentu Missouri, a następnego roku naczelnikiem Departament Wschodu, a później 5 Departamentu Wojskowego z siedzibą w rekonstrukcjonistycznym Nowym Orleanie. Jego polityka dezaprobowania wojskowych procesów sądowych, sympatia dla południowców i chęć godzenia zwaśnionych nie spotkała się z aprobatą Waszyngtonu i na własną prośbę został przeniesiony.