Od pierwszych dni istnienia obozu działała w nim specjalna komisja złożona z funkcjonariuszy Gestapo oraz członków miejscowego Selbstschutzu. Na podstawie wyników przesłuchań (nierzadko połączonych z biciem) oraz analizy kwestionariuszy i życiorysów sporządzanych przez więźniów komisja decydowała o losie każdego osadzonego. Pomiędzy 28 października a 6 grudnia 1939 roku co najmniej 600 więźniów obozu rozstrzelano w pobliskim lesie Barbarka.
Po rozwiązaniu Selbstschutzu (26 listopada) masowe egzekucje w zasadzie ustały, ustępując miejsca deportacjom do obozów koncentracyjnych. Dzięki temu uniknęli rozstrzelania m.in. więźniowie z powiatów chełmińskiego i wąbrzeskiego, których osadzono w Forcie VII już po rozwiązaniu Selbstschutzu. 8 stycznia 1940 roku z fortu skierowano do obozu przejściowego w gdańskim Nowym Porcie transport z około 100–200 więźniami. Po kilkudniowym pobycie w Nowym Porcie niemal wszyscy więźniowie z toruńskiego transportu zostali przeniesieni do obozu koncentracyjnego KL Stutthof. Fort opustoszał 10 stycznia 1940 roku. Pod koniec stycznia toruński Internierungslager został przeniesiony z Fortu VII do pobliskiego Fortu VIII, gdzie funkcjonował do momentu ostatecznej likwidacji w lipcu 1940 roku.