W roku 1873 fort stał się głównym punktem skoszarowania 7. pułku kawalerii, mającego zapewnić bezpieczeństwo budowniczym linii kolejowej Northern Pacific. Pierwszym komendantem rozbudowanego fortu został podpułkownik George Armstrong Custer, który zajmował to stanowisko do swej śmierci w roku 1876. W tymże 1876 roku 7 pułk kawalerii został wysłany na zachód z zadaniem poskromienia nieobjętych traktatami plemion Indian prerii i umieszczenia ich w rezerwatach. Z pola bitwy nad rzeką Little Big Horn, do "Fort Abraham Lincoln" nie powrócił ani Custer, ani połowa jego ludzi.
Fort został opuszczony przez armię w 1891, po ukończeniu budowy linii kolejowej do Montany. W rok po opuszczeniu fortu lokalni mieszkańcy rozebrali budynki wykorzystując na własne potrzeby drewno i gwoździe. W okresie późniejszym władze, siłami Civilian Conservation Corps, zrekonstruowały blokhauzy i ziemne domostwa Indian. Dom Custera został odbudowany dopiero w roku 1989.