Pod naciskiem wycofał się do Puszczy Ruskiej, gdzie spotkał oddziały AK dowodzone przez ppłk. Janusza Prawdzic-Szlaskiego oraz ppłk. Macieja Kalenkiewicza ps. Kotwicz.
19 sierpnia 1944 na naradzie z oficerami oddziałów zgrupowanych postanowił zrezygnować z dalszego marszu na zachód i pozostać na Wileńszczyźnie. Powrócił ze swoimi oddziałem do Puszczy Rudnickiej, gdzie go rozformował, a sam udał się do Wilna. Od lutego 1945 pełnił funkcję szefa III Oddziału Operacyjnego Komendy Okręgu Wileńskiego AK i uczestniczył w pracach likwidacyjnych Okręgu AK Wilno. Między innymi zajmował się przerzutem do centralnej Polski ludzi zagrożonych aresztowaniem przez NKWD. W marcu 1945 w Milanówku spotkał się z gen. Augustem Emilem Fieldorfem, od którego otrzymał wytyczne odnośnie do dalszej działalności. W maju 1945 powrócił do Wilna z rozkazem „rozładowania terenu” i ewakuacji zagrożonych do Polski centralnej, który przekazał komendantowi Okręgu mjr. Antoniemu Olechnowiczowi.