W 1901 roku został docentem prywatnym geologii i paleontologii na Uniwersytecie w Monachium. W 1908 roku otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego.
W latach 1901/1902, 1903/1904 i 1910/1911 odbył wyprawy paleontologiczne do EgiptuFerdinand Broili: Ernst Freiherr Stromer von Reichenbach zum 70. Geburtstag. Forschungen und Fortschritte: Nachrichtenbl. der deutschen Wissenschaft und Technik 17 (16/17), ss. 199-200, 1941.
Był autorem blisko stu prac naukowych, w tym dwutomowego podręcznika paleontologiiDehm R. Profesor Dr. Ernst Freiherr Stromer von Reichenbach, Lebensdaten und Schriftenverzeichnis. Mitteilungen der Bayerischen Staatssammlung für Paläontologie und Historische Geologie 11 (1971), ss. 3-10.
Na jego cześć nazwano m.in. gatunki Apodecter stromeri, Xenopus stromeri, Schizorhiza stromeri, Dorudon stromeri, Paralititan stromeri i rodzaj Stromerius.
Ożenił się w 1920 roku z Elise Rennebaum, córką architekta z Kairu, Johanna Rennebauma. Mieli trzech synów: Ulmana, Wolfganga (1922–1999) i Gerharta. Podczas II wojny światowej wszyscy byli żołnierzami Wehrmachtu. Ulman i Gerhart zginęli, Wolfgang znalazł się w rosyjskiej niewoli. Przypuszczano, że zginął, dopóki nie został uwolniony w maju 1950 roku.