Nie chciał go podpisać Rudolf II i zamiast niego swój podpis złożył jego brat arcyksiążę Maciej.
Wkrótce Maciej rozpoczął starania zmierzające do detronizacji Rudolfa. W latach 1607–1608 zyskał poparcie stanów austriackich i węgierskich, a w końcu także morawskich. Wojska Macieja w kwietniu 1608 r. wkroczyły do Czech. Przywódca morawskiej opozycji Karel starszy z Žerotína wezwał stany czeskie do poparcia arcyksięcia. Czesi jednak odmówili, gdyż cesarz Rudolf II obiecał spełnić ich postulaty. W tej sytuacji Maciej zawarł z bratem pokój w pałacyku Libni koło Pragi, uzyskując władzę nad Węgrami, Morawami i ziemiami austriackimi. Rudolf zatrzymał Czechy, Dolne i Górne Łużyce oraz Śląsk. Musiał także ratyfikować umowę z Bocskayem.
Wkrótce czeska opozycja stanowa rozpoczęła rozmowy z Rudolfem II, których rezultatem było wydanie przez cesarza 9 lipca 1609 r. Listu majestatycznego. Dokument zatwierdzał konfesję czeską, pozwalał stanom obsadzać dolny konsystorz składający się z 24 seniorów, zarządzać uniwersytetem w Pradze oraz wybierać 30 defensorów. Dokument postanawiał, że nikt nie może być wbrew swojej woli zmuszany do przyjęcia jakiegokolwiek wyznania. List majestatyczny wzmacniały tzw. Dodatki zawierające postanowienia o równouprawnieniu katolików z protestantami i nadaniu uprawnień defensorom.