Piotra i Pawła w Wierzchucinie, św. Wita w Słupach, św. Katarzyny w Rynarzewie, św. Jana Chrzciciela w Panigrodzu, Najświętszej Maryi Panny w Osielsku, św. Anny w Kosztowie, św. Mikołaja w Krostkowie, św. Anny w Jaktorowie, św. Jadwigi w Glesnie, św. Andrzeja w Czeszewie, św. Mikołaja w Dźwiersznie Wielkim (wszystkie z XIII w.), św. Marcina w Szubinie (XIV w.), św. Stanisława w Solcu Kujawskim i inne.
Do 1479 roku utworzono dekanat bydgoski, który początkowo należał do archidiakonatu włocławskiego, a następnie od 1577 roku – do archidiakonatu kruszwickiego. Natomiast miejscowości na Krajnie i Pałukach należały do dekanatów: Sępólno i Żnin w obrębie archidiakonatu gnieźnieńskiego oraz: Łobżenica, Nakło i Więcbork w archidiakonacie kamieńskimKrzysztof Chłapowski: Kościoły murowane i drewniane w województwie kaliskim w drugiej połowie XVI wieku, [w:] Województwo kaliskie w drugiej połowie XVI wieku. IH PAN Warszawa.. W 1530 powołano w Bydgoszczy oficjalat foralny obejmujący terytoria dwóch dekanatów: bydgoskiego i świeckiego. W 1765 roku parafia bydgoska została przeniesiona do archidiecezji gnieźnieńskiej w wyniku porozumienia biskupów: włocławskiego Antoniego Kazimierza Ostrowskiego i gnieźnieńskiego Władysława Łubieńskiego.