Obaj gracze wygrali w tym sezonie 3 z 4 tytułów wielkoszlemowych (czwarty, Australian Open, wygrał Marat Safin) i 8 z 9 tytułów ATP Masters Series, ostatni turniej tej rangi w sezonie, w Paryżu, bez udziału obu z nich, wygrał Tomáš Berdych.
Sezon 2006 thumb|245px|Nadal podczas Monte Carlo Masters W sezonie 2006 Federer wygrał 95% rozegranych meczów (podobnie jak rok wcześniej). Wygrał trzy turnieje Wielkiego Szlema – Australian Open, Wimbledon i US Open, a także cztery tytuły ATP Masters Series. Nadal podczas tego roku nie przegrał żadnego meczu w turnieju rozgrywanym na nawierzchni ziemnej. W bezpośredniej rywalizacji, Nadal pokonał Federera w finałach: w Dubaju, Monte Carlo, Rzymie i French Open, natomiast Federer wygrał podczas finału Wimbledonu, i w półfinału Tennis Masters Cup.
Sezon 2007 W 2007 miało miejsce 5 pojedynków między Szwajcarem i Hiszpanem, i po raz pierwszy to Szwajcar zanotował korzystny bilans meczów (3–2) z Hiszpanem. Federer, chociaż częściej przegrywający niż poprzednich latach, kontynuował dominację w męskim tenisie, wygrywając trzy tytuły wielkoszlemowe;