Nadal przez kontuzję wycofał się z kończącego sezon z Tennis Masters Cup w Szanghaju, a Federer odpadł w rozgrywkach grupowych, zmagając się z urazem pleców.
Rok 2008 był pierwszym, który Hiszpan ukończył na pozycji lidera, z kolei Szwajcar zajmował miejsce nr 2.
Sezon 2009 Do pierwszego spotkania lidera i wicelidera rankingu, doszło podczas finału Australian Open. Był to ich pierwszy mecz finałowy w turnieju wielkoszlemowym na kortach twardych (i ich 7 razem rozgrywany finał wielkoszlemowy). Trwający 4 godz. 30 min. mecz wygrał Rafael Nadal wynikiem 7:5, 3:6, 7:6(3), 3:6, 6:2.
Kolejny mecz między nimi został rozegrany podczas zawodów w Madrycie. Spotkali się w finale, który zakończył się zwycięstwem Federera 6:4, 6:4. Po nieobecności na Wimbledonie, Nadal spadł na 2. miejsce w klasyfikacji ATP (wyprzedzony przez Federera), a dwa tygodnie później na 3. pozycję – wiceliderem został Andy Murray.
Sezon 2010 Nadal z Federerem pierwszy raz w roku 2010 zagrali ze sobą się w finale w Madrycie, w którym lepszy okazał się Hiszpan, wygrywając 6:4, 7:6(5). Po raz drugi spotkali się w finale kończącego sezon turnieju ATP World Tour Finals i Federer triumfował 6:3, 3:6, 6:1.