Po roku 1480 styl Botticellego zmienił się. Jego obrazy przepełnione były dramatyzmem, emocjami, mistycyzmem i symbolami. Według jednych źródeł ta zmiana mogła nastąpić pod wpływem fanatycznego mnicha Savonaroli i jego kazańM. Levey G. Mandel Complete Painting of Botticelli wyd. Viking Penguin Inc. Nowy Jork 1985. Jednym z pierwszych obrazów była Madonna z księgą z 1483 roku. Obraz przedstawia Madonnę trzymającą na kolanach małego Jezusa, w scenie sugerującej wspólne pisanie Księgi godzin. Botticelli po raz pierwszy zastosował tu symbole religijne. Dzieciątko trzyma w ręku trzy małe złote dzidy, które symbolizują trzy gwoździe, którymi został przybity Jezus do krzyża. Według tradycji ezoterycznej i hermetycznej, owe dzidy miały symbolizować trzy promienie oświecenia – motyw występujący wśród średniowiecznych alchemików i różokrzyżowców. Jeszcze jeden symbol pojawił się w malarstwie Botticellego. Madonna na czerwonej tunice ma dwa czerwone skrzyżowane rzemienie. Znak ten pojawia się i na innych jego obrazach np. Maria Magdalena u stóp krzyża czy Madonna z granatem. We wcześniejszej wersji tego obrazu, w obrazie Madonna z sześcioma aniołami, aniołowie byli odwróceni plecami. W późniejszej, malarz obrócił jednego z aniołów przodem do widza tak, aby na jego piersi namalować znak czerwonego krzyża.