Począwszy od czwartej misji programu Gemini, centrum kontroli lotów na Florydzie (nazwane Mercury Control Center, później Launch Control Center) zaczęło przekazywać kontrolę nad pojazdem do Centrum Kontroli Misji w Houston.
Centrum odpowiada ponadto za realizację misji bezzałogowych oraz komercyjnych lotów kosmicznych, jak również prowadzi badania nad produkcją żywności oraz wykorzystaniem zasobów in situ na potrzeby eksploracji kosmosu. Od 2010 roku Centrum Kosmiczne Johna F. Kennedy’ego rozwijane jest jako wieloużytkowy port kosmiczny, poprzez współpracę z prywatnym przemysłem kosmicznym, a także poprzez budowę stanowiska LC-39C w 2015 roku.
Na terenie Centrum Kosmicznego Johna F. Kennedy’ego znajduje się około 700 obiektów i budynków rozlokowanych na obszarze 580 km². Do unikalnych obiektów mieszczących się na terenie Centrum Kosmicznego Johna F.