Od początku rozrywek w niepodległej Ukrainie klub występował w Wyższej Lidze. Po pierwszym sezonie klub spadł do Pierwszej Lihi, ale od razu powrócił po sezonie nieobecności. W 1997 roku klub ponownie spadł do Pierwszej Lihi i występował w niej do 2005 roku. W wyniku problemów finansowych klub przez dwa lata funkcjonował jako drużyna amatorska. W sezonie 2007/08 odnowiony zespół, z nową nazwą "Nywa-Switanok", występował w Drugiej Lidze.
W czerwcu 2008 klub zmienił nazwę na Profesjonalny Futbolowy Klub "Nywa" Winnica.
5 lipca 2012 klub z przyczyn finansowych rezygnuje z rozgrywek w Pierwszej Lidze i potem został rozformowany.
W lipcu 2015 klub został reaktywowany jako Nywa Winnica. Głównym trenerem został mianowany Wołodymyr Rewa. 1 marca 2016 klub zmienił nazwę na Nywa-W Winnica"ПФК «Нива-В» очолить тренер жіночої збірної України Володимир Рева, а Василь Вовк став його почесним президентом - 20 хвилин.
Latem 2016 klub otrzymał licencję na grę w Drugiej LidzeШість аматорських колективів допущені до участі в Другій лізі - UA-Футбол.