W wyniku przegranych wyborów do dymisji podał się prezes Ryszard Bugaj. Zastąpił go tymczasowo Aleksander Małachowski, a od lutego 1998 funkcję szefa partii sprawował Marek Pol. Obranie przez UP pod przewodnictwem Marka Pola nowego kursu politycznego (dryfowanie w stronę SLD i PSL) zraziło do partii jej niektórych członków wywodzących się z „Solidarności”. Zbigniew Bujak i Artur Smółko odeszli z partii, wstępując do Unii Wolności, a Ryszard Bugaj po odejściu z UP wycofał się z czynnej działalności partyjnej.

Wobec powstania rządu Jerzego Buzka Unia Pracy zajęła stanowisko krytyczne, sprzeciwiano się zbyt daleko idącym reformom gospodarczym pod kierownictwem Leszka Balcerowicza, bardzo sceptycznie odniosła się też do programu czterech wielkich reform, w tym administracyjnej (partia już w Sejmie II kadencji była przeciwna powstaniu powiatów i dużych województw). Krytykowano przywrócenie ustawy aborcyjnej z 1993 i przyjęcie przez Sejm konkordatu w styczniu 1998.