prof. dr Łucjan Kamieński (1922–1939) – Katedra Muzykologii prof. dr hab. Adolf Chybiński (1945–1952) – Zakład Muzykologii dr Maria Szczepańska (1952–1962) W latach 1962–1965 zawieszenie działalności, w roku 1965 nastąpiła likwidacja Zakładu. W 1974 roku Zakład został reaktywowany. dr Krystyna Winowicz (1974–1975) dr hab. Jan Stęszewski (1975–1999) dr hab. Danuta Jasińska (1999–2005) – Katedra Muzykologii prof. dr hab. Ryszard Wieczorek (2005–2016)
Poczet dyrektorów
dr hab. Justyna Humięcka-Jakubowska (2016–2019) dr hab. Piotr Podlipniak (od 2019)
Struktura organizacyjna Do 31 grudnia 2019 Instytut składał się z dwóch zakładów i dwóch pracowni. Od 1 stycznia 2020 Instytut nie posiada wewnętrznej struktury organizacyjnej.
Samodzielni pracownicy naukowi:
prof. dr hab. Marcin Gmys prof. dr hab. Ryszard Daniel Golianek prof. dr hab. Ryszard Wieczorek dr hab. Justyna Humięcka-Jakubowska dr hab. Piotr Podlipniak dr hab. Magdalena Walter-Mazur prof. dr hab. Bożena Muszkalska (profesor emerytowana) dr hab. Ewa Dahlig-Turek (profesor emerytowana) dr hab.