W dwóch kolejnych sezonach 2009/2010 i 2010/2011 Melbourne Victory za każdym razem kończył sezon zasadniczy na miejscu premiowanym awansem do serii finałowej rozgrywek. W sezonie 2009/2010 Melbourne Victory po raz trzeci wystąpił w finale rozgrywek. W finale zmierzył się przeciwko drużynie Sydney FC. Melbourne Victory po rzutach karnych uległ drużynie Sydney FC (1:1 w meczu, 2:4 w rzutach karnych). Natomiast w sezonie 2010/2011 klub zakończył zmagania na rundzie eliminacyjnej, przegrywając z zespołem Gold Coast United FC w stosunku 0:1. Ernie Merrick był trenerem Melbourne Victory do końca sezonu 2010/2011.
W przeciągu kolejnego sezonu (2011/2012) w klubie pracowało trzech szkoleniowców. Pierwszym trenerem został Australijczyk Mehmet Durakovic, który prowadził klub do 13. kolejki sezonu zasadniczego 2011/2012. Następnie w roli tymczasowego szkoleniowca został zatrudniony Kevin Muscat, który poprowadził klub w meczu 14. kolejki przeciwko Newcastle United Jets FC (wynik 2:1). Ostatecznie do końca sezonu zasadniczego na stanowisko trenera został zatrudniony Irlandczyk Jim Magilton. Sezon zasadniczy 2011/2012 Melbourne Victory zakończyło na 8. miejscu i nie uzyskało awansu do serii finałowej rozgrywek.