Powstawanie dimerów starterów w trakcie łańcuchowej reakcji polimerazy zmniejsza jej wydajność, a także zwiększa liczbę produktów nieswoistych reakcji, gdyż sparowane z sobą startery stają się matrycą dla polimerazy DNA, konkurując w ten sposób z poprawnym matrycowym DNA. W skrajnych wypadkach może to zupełnie uniemożliwić poprawne przeprowadzenie reakcji. Komplikacja wykrywana jest podczas elektroforetycznego rozdzielania produktów reakcji w żelu – uzyskuje się słabo widoczne prążki dla swoistych produktów reakcji (lub nie otrzymuje się ich wcale) i dodatkowo prążek lub prążki dla produktów nieswoistych.
Rozwiązać problem może modyfikacja warunków temperaturowych reakcji, jednak czasem należy przeprojektować startery (zmienić ich sekwencję).
Uwagi
Przypisy
Kategoria:Biologia molekularna