Następnym przystankiem będzie podziemna stacja Yenikapi, która wykonana została metodą odkrywkową.

Za stacją nastąpi rozwidlenie szlaków, gdzie pociągi dalekobieżne pojadą obecnymi torami do stacji końcowej Sirkeci, a pociągi udające się na drugą stronę cieśniny wjadą w dwutorowy tunel.

Za tą stacją linia kolejowa pobiegnie jeszcze głębiej, by móc dotrzeć do najgłębszego miejsca cieśniny Bosfor.

Pociąg pokonuje cieśninę tunelem o długości 1,4 km położonym na jej dnie.

Dalej, już po azjatyckiej stronie, niewiele w głąb lądu znajduje się pierwsza stacja Üsküdar (dość daleko od obecnego terminala końcowego Haydarpaşa). Na stary ślad trasa wjeżdża ponownie przed drugą stacją po stronie azjatyckiej – Söğütlüçeşme, przed którą tunel kończy się w postaci rampy wyjazdowej. Odtąd trasa podąża już istniejącym śladem dwutorowej linii.

Konstrukcja tunelu Długość tunelu pod Bosforem wynosi 1,4 km. Składa się z 11 betonowych sekcji zanurzonych pod wodą, o wadze dochodzącej do 18000 ton„The Big Dig” Wired Magazine. Waga poszczególnych sekcji.. Trasa znajduje się 56 metrów poniżej poziomu morza.