Po wspomnianej likwidacji założono dwa kluby MFK Żytomierz i Żytyczi Żytomierz, które przystąpiły do rozgrywek w Drugiej lidze w sezonie 2005/06. W marcu 2006 roku władza miasta przestała finansować MFK Żytomierz i klub został rozwiązany 30 kwietnia 2006 roku. Żytyczi Żytomierz zajął 8.miejsce, ale nie uzyskał licencji, pozwalającej na grę w następnym sezonie ligowym i został pozbawiony statusu profesjonalnego.
16 marca 2016 roku decyzją Rady Miejskiej klub został reaktywowany jako MFK Żytomierz (MFK – Municypalnyj Futbolnyj Kłub, pol. Miejski Klub Piłkarski). Zespół startował w rozgrywkach amatorskich mistrzostw Ukrainy, zajmując 3.miejsce w grupie 1. W następnym sezonie 2016/17 ponownie startował w amatorskich mistrzostwach oraz amatorskim pucharze Ukrainy. 16 lutego 2017 klub zmienił nazwę na Polissia Żytomierz.
21 czerwca 2017 został dopuszczony do rozgrywek Druhiej lihi i otrzymał status profesjonalny. W sezonie 2017/18 debiutował w Druhiej lidze, zajmując 8.miejsce w grupie A. W następnym sezonie awansował na trzecią pozycję. W sezonie 2019/20 ze względu na pandemię COVID-19 rozgrywki zostały przerwane. Klub rozegrał tylko 20 spotkań i zajmował drugą lokatę w grupie A przed zatrzymaniem rozgrywek. Decyzją PFL otrzymał promocję do Perszej lihi.
Barwy klubowe, strój, herb, hymn