Jego propozycja spotkała się ze sprzeciwem znacznej części środowisk katolickich (polemizowali z nim m.in. Jan Piwowarczyk, Józef Marian Święcicki, Tadeusz Przeciszewski, Kazimierz Studentowicz, Jerzy Braun), zarzucano mu m.in. postawę kapitulacji. Stanisław Stomma bronił jej następnie w artykule O pozornym maksymalizmie i urojonym defetyzmie, opublikowanym w „Tygodniku Powszechnym” z 20 kwietnia 1947. Poszukiwał innej drogi funkcjonowania środowisk katolickich w komunizmie niż konfrontacja lub ideologiczna kapitulacja.
Od 1 stycznia 1946 był pracownikiem Katedry Prawa Karnego Uniwersytetu Jagiellońskiego, w 1947 habilitował się na podstawie pracy Ocena socjologiczna niektórych pojęć nauki prawa karnego (habilitacja formalnie została zatwierdzona przez resort szkolnictwa wyższego dopiero w 1957). Następnie bezskutecznie ubiegał się o zatrudnienie na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu, a w październiku 1949 otrzymał wypowiedzenie na Uniwersytecie Jagiellońskim (postawiono mu wybór: praca na uczelni lub w piśmie katolickim), w wyniku czego przestał pracować na UJ z dniem 31 stycznia 1950.