W 1925 wrócił do Wiednia, podejmując na tutejszym uniwersytecie studia doktoranckie z zakresu antropologii, etnologii i egiptologii, doktoryzując się w 1926 Studia te zaowocowały w późniejszym okresie wieloletnią działalnością wykładowczą w wyższym seminarium misyjnym St. Gabriel w Wiedniu oraz w wiedeńskiej Wyższej Szkole Handlowej.
W latach 1929–1930 udał się do Konga w celu gruntownego zbadania życia Pigmejów. Podjął tu pierwsze próby naukowego opisania ich życia, w tym zanikających, głównie za sprawą białych ludzi, kultury i obyczajów. W 1930 opracował zmierzający do uratowania zanikającej kultury tego ludu plan zmiany trybu życia Pigmejów z koczowniczego na osiadły. Namawiał ich do założenia plantacji i uprawy bananów. Gdy w 1935 wrócił do Afryki Centralnej, przekonał się, że w tym czasie stali się oni osiadłymi plantatorami i znacznie poszerzyli teren upraw. Ich wsie były schludne, stałe domostwa zadbane i jak na warunki afrykańskie sprawiały wrażenie dostatnich. Zachęcony tym Schebesta doprowadził do otwarcia tam stałej stacji misyjnej oraz szkoły.