JKDefrag umieszcza pliki z pierwszej strefy na samym początku dysku. Po nich następuje wolne miejsce, następnie umieszczane są pliki z drugiej strefy, a na końcu znajduje się trzecia strefa (oddzielona od drugiej wolnym miejscem). Jeżeli plik nie znajduje się oryginalnie w przeznaczonej sobie strefie, jest tam przenoszony tak, by wszystkie pliki ze strefy były umieszczone w sposób możliwie jak najbardziej ciągły.
Oprogramowanie charakteryzuje się Niskim zużyciem zasobów systemowych Pełną automatyzacją operacji (brak graficznego interfejsu użytkownika) Możliwością obsługi z linii komend Opcja pracy w trybie wygaszacza ekranu Udostępniony publicznie kod źródłowy (Microsoft Visual C++)
JKDefrag działa w systemach Windows 2000, Windows XP, Windows 2003 oraz w Windows Vista, wspiera systemy plików FAT oraz NTFS. Do defragmentacji używane jest natywne API systemu operacyjnego Windows. Na forum programu oferowane jest wsparcie i pomoc techniczna.