Za jego czasów rozpoczął się napływ maronickich rolników w region Szuf, którzy znani byli ze swej pracowitości i umiejętności uprawy ziemi, dlatego chętnie ściągani byli przez feudalne rody druzyjskie, które aby zatrzymać ich na stałe, przeznaczały swoją ziemię na zasiedlanie i budowę kościołów.
Wzrastająca siła militarna Fachr ad-Dina II, jego negocjacje z państwami europejskimi oraz sympatie dla chrześcijan zaniepokoiły sułtana tureckiego Murada IV (1623-1640). W 1633 r. wysłał przeciwko niemu paszów Syrii i Egiptu, flota turecka zaś zablokowała wybrzeże. W bitwie pod Wadi al-Taim, w której dowodził syn emira – Ali, Turcy rozbili wojska libańskie. Ali dostał się do niewoli, a następnie został zgładzony. Na wieść o klęsce, opuścili księcia wszyscy sojusznicy. Po nieudanej próbie zbrojnego oporu Fachr ad-Din II schronił się w górach, w pobliżu Niha. Został jednak pojmany i wraz z całą rodziną odstawiony do Stambułu, a następnie oskarżony i brutalnie stracony wraz z trzema synami. Ocalał najmłodszy syn księcia, który był wówczas niemowlęciem.