W roku 1999 kościół został wyniesiony do godności kolegiaty. Proboszczem myszynieckiej parafii był wówczas ks. Zdzisław Mikołajczyk. W 1981 roku kościół został wpisany do rejestru zabytków ówczesnego województwa ostrołęckiego (nr rej A-467). W 2013 roku papież Franciszek podniósł świątynię do godności bazyliki mniejszej.
Dekretem biskupa łomżyńskiego Janusza Stepnowskiego z 9 lutego 2021 roku bazylika została ustanowiona jednym z 20 kościołów stacyjnych Papieskiego Roku św. Józefa w diecezji łomżyńskiej.
Architektura i wyposażenie Jest to neogotycki pięcionawowy kościół halowy wybudowany w latach 1909–1922 według projektu Franciszka Przecławskiego. Rola Adolfa Schimmelpfenniga w powstaniu projektu, który jest wymieniany w niektórych źródłach została później odrzucona. Świątynia została konsekrowana w 1926 roku. Bazylika jest największym budynkiem sakralnym dekanatu Myszyniec. Należy również do największych tego typu obiektów w diecezji łomżyńskiej. Jego wymiary to: 61 m – długość, 30 m – szerokość, 18 m – wysokość do sklepienia, 50 m – wysokość dwóch wież. Wybudowano go z cegły, jest nieotynkowany i niepodpiwniczony.