Między 1925 a 1927 rokiem mózgowie Lenina zostało pocięte mikrotomem na cienkie plastry, i dziesiąta część z nich została poddana barwieniu i badaniom mikroskopowym. W tym samym czasie Vogt pracował nad organizacją pracy Instytutu. We wrześniu 1925 roku przedstawił swoje plany komitetowi medycznemu.
W początkowym okresie pracy Instytutu pracowali w nim Siemion Aleksandrowicz Sarkisow i Isaj Dawidowicz Sapir, którzy jako pierwsi przeszli wielomiesięczne szkolenie w berlińskim instytucie. Gdy Institut Mozga został oficjalnie otwarty w listopadzie 1928 roku, pracowało tam dodatkowo czterech lekarzy, wśród nich neuropatolodzy Iwan Nikołajewicz Filimonow i Nikołaj Siemionowicz Popow. Zbiory Instytutu stopniowo powiększały się o kolejne preparaty, a prace nad mózgiem Lenina z wielu powodów przeciągały się. W latach 30. część naukowców pracujących w Instytucie została oskarżona o działalność kontrrewolycyjną, zesłana do łagru (Sapir) lub rozstrzelana (Popow). W 1967 roku Filimonow, Sarkisow i Czernyszew przygotowali do druku monografię Мозг В.И. Ленина. Цитоархитектоническое исследование, jednak praca pozostała niewydana.