W latach 1911–1913 jako Przewodniczący Zgromadzenia Narodowego wziął udział w kilku misjach dyplomatycznych. W 1912 był członkiem grupy negocjującej rozejm z Turcją w Çatalca, a w maju 1913 stał na czele bułgarskiej delegacji, która podpisała pokój kończący I wojnę bałkańską.
W przededniu wybuchu II wojny bałkańskiej, 14 czerwca 1913 ponownie stanął na czele rządu oraz Ministerstwa Spraw Zagranicznych i Wyznań Wiary. Obie funkcje sprawował tylko nieco ponad miesiąc, do 17 lipca.
W latach 1916–1934 powrócił do zawodu nauczyciela akademickiego. Wykładał historię dyplomacji w Wolnym Uniwersytecie w Sofii.
W 1918 po raz ostatni wszedł w skład Rady Ministrów, obejmując urząd ministra finansów w rządach Teodora Teodorowa i Aleksandyra Stambolijskiego. W 1922, wraz z innymi działaczami opozycji wobec rządu Bułgarskiego Ludowego Związku Chłopskiego, został aresztowany i wtrącony do więzienia. Na wolność wyszedł po zamachu stanu 9 czerwca 1923, po czym nie powrócił już do aktywnej polityki. Od 1924 do 1939 był przewodniczącym Bułgarskiego Czerwonego Krzyża, ponadto w 1931 został wiceprzewodniczącym Stałego Trybunału Arbitrażowego w Hadze.
Życie prywatne Stojan Danew był żonaty z Radą Burmową, córką Todora Burmowa, pierwszego premiera Bułgarii.