Graczem Brescii był przez 2 lata.
W 2005 roku odszedł do angielskiego Queens Park Rangers. W Championship pierwszy mecz zaliczył 9 sierpnia 2005 roku przeciwko Ipswich Town (2:1). W QPR występował przez 3 lata.
W styczniu 2008 roku Nygaard wrócił do Danii, gdzie został graczem zespołu Randers FC. W Superligaen zadebiutował 16 marca 2008 roku w przegranym 1:3 spotkaniu z Brøndby. 27 kwietnia 2008 roku w wygranym 4:1 pojedynku z Aarhus GF zdobył 2 bramki, które były jego pierwszymi w Superligaen. W 2009 roku wraz z Mortenem Nordstrandem z 16 golami na koncie został królem strzelców Superligaen.
W 2010 roku podpisał kontrakt z niemieckim SpVgg Unterhaching z 3. Ligi.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1994/95 FC København
Superligaen 0 0 1995/96 SC Heerenveen
Eredivisie 6 1 1996/97 SC Heerenveen
Eredivisie 20 5 1997/98 MVV Maastricht
Eredivisie 34 3 1998/99 Roda Kerkrade
Eredivisie 30 10 1999/00 Roda Kerkrade
Eredivisie 2 0 2000/01 Roda Kerkrade
Eredivisie 24 1 2001/02 Roda Kerkrade
Eredivisie 21 1 2002/03 Roda Kerkrade
Eredivisie 9 1 2002/03 SK Lommel
Eerste klasse 4 1 2002/03 SBV Excelsior
Eredivisie 8 1 2003/04 Calcio Catania
Serie B 12 3 2003/04 Vicenza
Serie B 4 0 2004/05 Brescia
Serie A 10 0 2005/06 Queens Park