Jan Frederiksen (ur. 20 czerwca 1982 w Kopenhadze) – duński piłkarz występujący na pozycji obrońcy.
Kariera klubowa Frederiksen zawodową karierę rozpoczynał w klubie Lyngby BK. W Superligaen zadebiutował 13 czerwca 2001 roku w przegranym 0:2 meczu z Aalborg BK. W Lyngby grał do końca 2001 roku, zaliczając tam 8 ligowych spotkań.
W styczniu 2002 roku przeniósł się do Feyenoordu, ale natychmiast został wypożyczony do satelickiego klubu SBV Excelsior, grającego w Eerste Divisie. Pierwszy mecz w tych rozgrywkach zaliczył 15 lutego przeciwko VVV Venlo (6:1). W sezonie 2001/2002 wywalczył z klubem awans do Eredivisie, w której zadebiutował 29 września w wygranym 3:0 pojedynku z RKC Waalwijk. W Excelsiorze grał przez rok, występując w 3 meczach ligowych.
W styczniu 2003 roku powrócił do Danii, gdzie podpisał kontrakt z FC Midtjylland. W lidze zadebiutował 16 marca w meczu z Esbjerg fB (2:0). Przez półtora sezonu wystąpił tam w 12 ligowych pojedynkach. Latem 2004 roku odszedł do innego zespołu duńskiej Superligi, Herfølge BK. W sezonie 2004/05 zajął z nim 11. miejsce w lidze i spadł do 1. division. W Herfølge grał jeszcze przez 1,5 roku.