Wiadomo też, że kłodzki szpital znajdował się poza murami miasta, w dużej odległości od siedziby joannitów. Dlaczego fundacja zakonu nie została zlokalizowana w pobliżu jego siedziby? Podobne zastrzeżenia budzi fakt przejęcia przez joannitów, w styczniu 1300 r., obowiązku zaopatrywania w wino mszalne szpitala św. Jerzego. Gdyby szpital rzeczywiście był własnością joannitów to, od kogo mieliby przejąć, wspomniany wyżej, obowiązek? Trudno też podważać późniejsze informacje o kłodzkim szpitalu z XIV i XV wieku, które wyraźnie wskazują na jego zależność od władz miejskich i nigdy nie odnoszą się do joannitów.
Siewcy trądu? W literaturze dotyczącej historii Kłodzka powtarzane jest raczej bezpodstawne, a nawet krzywdzące joannitów stwierdzenie obwiniające ich o rozsiewanie trądu. Ilustruje to następujący cytat: „Najpierw pojawili się w Kłodzku zaangażowani w krucjaty joannici, potem zaś trędowaci. I taka była cena ściślejszych kontaktów z szerokim światem.” Po pierwsze kłodzki szpital, który miał sprawować opiekę nad trędowatymi i chorymi, powstał prawdopodobnie przed komandorią joannitów, co przeczy sugerowanym związkom pomiędzy przybyciem braci zakonnych a pojawieniem się owej choroby. Po drugie tworzący komandorię zakonnicy przybyli z Pragi i raczej nie było wśród nich weteranów bojów na Ziemi Świętej.