Po wybuchu II wojny światowej, we wrześniu 1939 r. został oskarżony przez władze o sympatie pro-niemieckie. Z kolei, po przecięciu linii telegraficznych w rejonie Huelgoat w październiku tego roku, oskarżono go o udział w tym akcie sabotażu. Jednakże 2 rewizje jego domu i przesłuchanie nie dały rezultatu. Po zajęciu Francji przez wojska niemieckie w czerwcu 1940 r., kontynuował swoją działalność publicystyczno-polityczną. Pomimo zakazu organizowania uroczystości podczas okupacji, nałożonego na niego przez kardynała Adolphe’a Duparca, zorganizował w dniach 29-30 sierpnia 1940 r. w Tréguier obchody 500-lecia śmierci księcia Jana VI Mądrego. Wzięli w nich udział członkowie Bleun-Brug. 8 lipca 1941 r. ojciec Perrot wszedł w skład grupy pisarzy bretońskich, chcących zunifikować ortografię języka bretońskiego. W październiku 1942 r. został członkiem Komitetu Konsultacyjnego Bretanii. Był oskarżany przez ruch oporu o kolaborację z Niemcami. Miał brać udział w przeszukaniach domów swoich przeciwników. Miał też udzielać schronienia członkom paramilitarnych bojówek bretońskich Bagadoù Stourm, współpracujących z okupantami. 12 grudnia 1943 r. został zabity w Scrignac przez Jeana Thépaut, członka Francuskiej Partii Komunistycznej. Jego śmierć wywołała duży wstrząs wśród nacjonalistów bretońskich.