Wrocław, Berlin, Hamburg i miasta w rodzinnej Saksonii i zdobywając wysokie uznanie publiczności, krytyków oraz koryfeuszy świata muzyki, takich jak Felix Mendelssohn-Bartholdy i Ludwig Spohr.
Po powrocie do Warszawy Freyer przejął w roku 1837 stanowisko organisty przy stołecznej parafii ewangelickiej pw. św. Trójcy. Założył tam szkołę muzyczną, gdzie uboższych uczniów kształcił nieodpłatnie, a także profesjonalny parafialny chór. Swą prywatną szkołę muzyczną prowadził przez 30 lat – po zamknięciu przez władze carskie wyższych uczelni warszawskich po powstaniu listopadowym, w tym Szkoły Głównej Muzyki, była ona jedyną szkołą tego rodzaju w stolicy. Po otwarciu w 1861 Instytutu Muzycznego Freyer zlikwidował swą szkołę i wstąpił do grona pedagogów nowej uczelni jako profesor gry i teorii organowej, nadal dbając o interesy niezamożnych uczniów. Wydał w tych latach Praktyczną Szkołę na Organy, przez wiele lat obowiązkowy podręcznik w Instytucie Muzycznym. W roku 1871 znalazł się wraz z krewnym Antonim Freyerem w gronie założycieli Warszawskiego Towarzystwa Muzycznego.