Pochowany został 2 kwietnia 1997 roku na cmentarzu parafialnym przy kościele św. Agnieszki na Kalinowszczyźnie w Lublinie.
Upamiętnienie Kwiatkowski jest jednym z niewielu obcokrajowców upamiętnionych pomnikiem w Wietnamie. Dedykowane mu tablice pamiątkowe znajdują się w Purpurowym Zakazanym Mieście (pałac cesarski) w Huế i w sanktuarium religijnym Czamów w Mỹ Sơn. W 2007 w Hội An odsłonięto pomnik Kazimierza Kwiatkowskiego. Autorem jest wietnamski rzeźbiarz Phạm Hồng. Pomnik znajduje się przy ulicy Trần Phú pod nr 138 w Parku Kazika, nazwanym tak na cześć Kwiatkowskiego.
19 marca 2017 roku w 20 rocznicę śmierci Kwiatkowskiego odbył się w Huế panel dyskusyjny z udziałem osób, które go znały. Ukazała się także książka autorstwa Jacka Zygmunta Matuszaka pod tytułem Kazimierz Kwiatkowski (1944–1997). Wspomnienie niezwykłego człowieka. Architekt jest także bohaterem kilku wietnamskich książek i inspiracją dla wietnamskich filmowców.