Górne piętro doliny to Świstówka Huncowska, wciśnięta pomiędzy szczyty: Huncowski, Kieżmarski, Mały Kieżmarski, Kieżmarską Kopę (Kežmarská kopa, 2233 m n.p.m.), Złotą Czubę (Zlatý hrb, 2111 m). Od położonych niżej partii doliny oddzielona jest ona poprzecznie ułożonym pasem skałek zwanych Huncowskimi Spadami, poniżej których przebiega Magistrala Tatrzańska. Dolina Huncowska łagodnie opada w kierunku Matlar (Tatranské Matliare). W dolnych partiach dolina prawie nie wyodrębnia się z Niżniej Huncowskiej Uboczy – niższego fragmentu stoków tworzonych przez Huncowską Ubocz.
Przez dolinę przepływa Huncowski Potok (Huncovský potok) zasilany Jaszczerzyckim Potokiem (Jašterica). Jego wody stanowią lewy dopływ Łomnickiego Potoku (Skalnatý potok).
Nazwa doliny pochodzi od wsi Huncowce (Huncovce), do której należały dawniej jej tereny. Wielka encyklopedia tatrzańska Zofii i Witolda Henryka Paryskich oraz inne polskie źródła podają nazwę słowacką Huncovská dolina. Nazwa ta nie występuje we współczesnych źródłach słowackich. Oficjalna nazwa całej Doliny Huncowskiej po słowacku to Huncovská kotlina, podawana m.in. przez Ivana Bohuša. Mylne są nazwy niemiecka i węgierskie: Leitenbachtal, Lejtő-patak-völgy.