W 1936, w czasie pobytu w więzieniu, weryfikacyjna komisja partyjna KC KPP usunęła go z partii, za „zachowanie niegodne komunisty” – które wykazał podczas śledztwa i rozprawy sądowej przeciwko niemu. Podczas odbywania kary przez Bieruta, KPP została w sierpniu 1938 rozwiązana, a większość przywódców wymordowana w ZSRR przez NKWD. W 1938 ogłoszono w Polsce amnestię, 20 grudnia Bierut skorzystał z niej, opuszczając więzienie. Do czasu agresji Niemiec na Polskę pracował w Warszawie jako księgowy w „Społem”.

Okres II wojny światowej Po wybuchu II wojny światowej udał się do Lublina. Powrócił do Warszawy po kapitulacji. W październiku 1939 zbiegł na tereny okupowane przez Armię Czerwoną do Białegostoku. Przebywał potem na obszarze okupacji sowieckiej. Przyjął obywatelstwo radzieckie. Od października 1939 pracował w Kowlu, a następnie na budowie zorganizowanej przez Ludowy Komisariat Komunikacji ZSRR (listopad 1939 – czerwiec 1940). Po ataku Niemiec na ZSRR, od lata 1941 przebywał w Mińsku, jako kierownik Wydziału Żywnościowego w urzędzie miasta (wtedy pod niemiecką administracją), pozostając jednocześnie