Oskarżenia i proces W maju 2004 komisja parlamentarna uchyliła immunitet poselski Lube Boszkoskiemu. W sierpniu 2004 Boszkoski został aresztowany w Puli w Chorwacji i oskarżony o zaangażowanie w morderstwo 6 uzbrojonych Pakistańczyków w miejscowości Rasztanski Lozja. 2 marca 2002 zostali oni zastrzeleni przez macedońskie jednostki specjalne jako podejrzani o terroryzm"Macedonia victims 'were Pakistani'", Telegraph, 4 marca 2002.. Boškoski był w tym czasie ministrem spraw wewnętrznych. W kwietniu 2005 sąd w Skopje uniewinnił 4 osoby oskarżone w tej sprawie.
W grudniu 2004 Lube Boszkoski został oskarżony przez Międzynarodowy Trybunał Karny dla byłej Jugosławii (ICTY) o złamanie prawa w czasie wojny domowej w Macedonii w 2001. Trybunał oskarżył go o przyczynienie się do zabójstwa 10 cywilów w sierpniu 2001 w czasie ofensywy lądowej macedońskich służ bezpieczeństwa w miejscowości Luboten, zamieszkanej przez Albańczyków. Według Trybunału Boszkoski jako minister spraw wewnętrznych de facto i de iure nadzorował funkcjonariuszy służb, biorących udział w zabójstwie"Initial indictment in the case Boskoski and Tarculovski", ICTY, 22 grudnia 2004..