Od 15 maja 1932 r. ze względu na pogarszający się stan zdrowia przebywała na leczeniu gruźlicy w Białce Tatrzańskiej. Przez pewien czas leczyła się także w szpitalach w Nowym Targu i Zakopanem, jednak kuracje te, nie przyniosły oczekiwanych rezultatów.

Pod koniec tego roku, już na łożu śmierci, siostra Eligia złożyła śluby wieczyste. Zmarła 7 stycznia 1933 r. w Białce Tatrzańskiej. Dwa dni później jej ciało przewieziono do Oświęcimia, gdzie następnego dnia została pochowana w asyście żołnierzy Wojska Polskiego w kwaterze sióstr serafitek, na cmentarzu parafialnym w Oświęcimiu. Na trumnie, którą nieśli między innymi oficerowie położono czapkę wojskową, szablę oraz proporczyk OLK. Jej pogrzeb zgromadził nie tylko siostry zakonne, ale i licznych przedstawicieli wojska oraz byłe legionistki. Wydarzenie to przypominało raczej manifestację patriotyczną niż uroczystości pogrzeboweS.Sawia Jabłońska, Porucznik – zakonnica, „Przewodnik Katolicki”, 1968, nr 48, s. 447..