Pomimo wspomnianych uciążliwości, muzeum zdołało zaprezentować do roku 2005 aż 197 czasowych wystaw.

W 2006 roku muzeum przeniosło się do obecnej siedziby, przy ulicy Dwornej 22 (na rogu ulic Dwornej i Giełczyńskiej), o łącznej powierzchni użytkowej 1550 m². Od tego czasu budynek muzeum przechodził kapitalny remont i nie była prowadzona działalność kulturowa, poza wystawieniem skromnej ekspozycji tymczasowej i sprzedażą publikacji muzealnych.

W lipcu 2009 roku rozpoczęła się modernizacja zabytkowego budynku muzeum, która jest współfinansowana przez Unię Europejską w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Podlaskiego na lata 2007–2013. Całkowity koszt modernizacji wyniesie 5,2 mln zł. Po zakończeniu modernizacji budynek będzie miał 4 kondygnacje nadziemne, a muzeum uzyska nową powierzchnię wystawienniczą, tj. sale wystaw czasowych – 216 m² (dotychczas 90 m²), sale wystaw stałych – 245 m² (dotychczas 40 m²). Po remoncie budynek muzeum będzie przystosowany do potrzeb osób niepełnosprawnych i zostanie wznowiona działalność wystawienniczą.

Przez ponad 30 lat funkcję dyrektora sprawował dr Jerzy Jastrzębski. Od 1 grudnia 2021 r. dyrektorem placówki jest Paulina Bronowicz-Chojak.