Zaangażował się w działalność centroprawicowej Partii Narodowej, był sekretarzem generalnym i następnie przewodniczącym jej organizacji młodzieżowej. W 1992 został po raz pierwszy wybrany w skład Izby Reprezentantów. W 1996, 1998, 2003 i 2008 odnawiał mandat deputowanego. Od 1992 do 1995 był członkiem delegacji maltańskiego parlamentu w Zgromadzeniu Parlamentarnym Rady Europy. W latach 1992–1995 oraz 1996–1998 był członkiem Wspólnego Komitetu Parlamentarnego Parlamentu Europejskiego oraz Izby Reprezentantów Malty.
Od kwietnia 1995 do października 1996 Tonio Borg zajmował stanowisko ministra spraw wewnętrznych i rzecznika partii. Po sukcesie wyborczym Partii Narodowej w 1998 we wrześniu tegoż roku został stanął na czele resortu spraw wewnętrznych i środowiska. Od kwietnia 2003 był ministrem sprawiedliwości i spraw wewnętrznych. W marcu 2004, po objęciu urzędu premiera przez Lawrence'a Gonziego, Tonio Borg został wiceprzewodniczącym Partii Narodowej oraz wicepremierem (pozostając dalej na czele dotychczasowego resortu). W marcu 2008, po kolejnym zwycięstwie centroprawicy, w wyborach parlamentarnych, Tonio Borg pozostał na stanowisku wicepremiera, obejmując także tekę ministra spraw zagranicznych. Stanowiska partyjne i rządowe zajmował do listopada 2012.