Od południa wyżyny Azande (około 1400 metrów), oraz Wschodnioafrykańska z najwyższym wzniesieniem w kraju – Kinyeti (do 2011; po secesji Sudanu Południowego najwyższy szczyt to Deriba Caldera – 3042 m n.p.m.). Na wschodzie wzdłuż granicy z Etiopią przebiega wyraźny próg (2085 metrów), stanowiący krawędź Wyżyny Abisyńskiej. W północnej części Sudanu dolina Nilu przecina obszary pustynne.
Klimat Od zwrotnikowego skrajnie suchego na północy do równikowego monsunowego-suchego i wilgotnego na południu. W północnej części kraju dominuje całoroczna cyrkulacja pasatowa, w południowej od kwietnia do października zaznacza się wpływ Monsunu Gwinejskiego i Indyjskiego. Na północy temperatura maksymalna wynosi od 25–28 °C (styczeń) do 39–42 °C (czerwiec). Minimalna od 8–14 °C do 25–26 °C, nad Morzem Czerwonym od 19 do 29 °C. W części środkowej temperatura maksymalna od 24–32 °C (styczeń) do 38–42 °C (czerwiec). Minimalna od 9–16 °C do 22–27 °C. Na południu temperatura maksymalna pd 28–33 °C (Czerwiec) do 33-38 °C(luty), minimalna pd 12–18 °C do 19–24 °C. Roczna suma opadów maleje od 1000-1500mm na południu, 300-400mm w części środkowej, do poniżej 10-20mm na północy.