Historia Miasto rozwijało się począwszy od wczesnego okresu przejściowego (1–700 n.e.) aż do przybycia do Peru hiszpańskich konkwistadorów. Pachacámac zostało założone przez miejscową kulturę Lima. Początkowo w skład kompleksu wchodziła co najmniej jedna piramida z freskiem przedstawiającym rybę, symbol Pacha Kamaqa, oraz nekropolia. Styl architektoniczny najstarszych budynków przypomina sztukę typową dla kultury Chavín. Najszybszy rozwój nastąpił w czasie panowania Huari (600–800 n.e.). Wtedy miasto zyskało również funkcję ośrodka administracyjnego. Na terenie stanowiska archeologicznego znaleziono ceramikę oraz tkaniny kultury Huari. Architektura budowli wzniesionych w tym okresie również nawiązuje do stylu cywilizacji z Ayacucho.
Po upadku imperium Huari Pachacámac dalej rozwijało się jako niezależne centrum religijne. Z lat 800-1450 pochodzą liczne zabudowania mieszkalno-gospodarcze. Przed przybyciem Inków doliny rzek Rímac oraz Lurín tworzyły małe państwo nazywane Ichma, zaś Pachacámac pełniło funkcję jego najważniejszego ośrodka religijnego i miejsca kultu boga-stwórcy Pacha Kamaqa. Inkowie włączyli ten obszar do swojego imperium, zezwalając jednak na niezależne funkcjonowanie sanktuarium. W kolejnych latach Pacha Kamaq został włączony do inkaskiego panteonu. Z czasów panowania Inków pochodzi m.in.