Zwolennicy filmu twierdzili, że nawoływania (nieznających scenariusza) polityków do cofnięcia promesy dofinansowania projektu, wysoko ocenionego przez niezależnych ekspertów, noszą znamiona cenzury prewencyjnej.
Produkcja filmu wzbudziła liczne kontrowersje, przede wszystkim ze względu na fragmenty scenariusza pokazujące pijanego obrońcę, który sika na portret marszałka Rydza-Śmigłego, pijanych polskich żołnierzy kradnących żywność z magazynów, biegających nago pod ostrzałem Niemców czy obrońców, którzy „obleśnie liżą pornograficzne karty”.
Głosy krytyczne Gdy twórcy zwrócili się do premiera RP o objęcie patronatu nad filmem, kancelaria rządu poprosiła o udostępnienie scenariusza. Został on poddany analizie przez zespół historyków, którzy ocenili projekt bardzo krytycznie. Sławomir Nowak, szef gabinetu premiera, powiedziałEksperci premiera o „Tajemnicy Westerplatte”: to film antypolski, Gazeta Wyborcza, 28.08.2008:
Wśród autorów analizy krytycznie oceniających projekt znaleźli się m.in. dr Andrzej Drzycimski, autor biografii mjra Sucharskiego oraz Mariusz Wójtowicz-Podhorski, autor 700-stronicowej monografii „Westerplatte 1939.