Latem 1988 po spadku Homburga Dooley przeszedł do 1. FC Kaiserslautern. Swój pierwszy sukces z nowym zespołem osiągnął w sezonie 1989/1990, gdy sięgnął z nim po Puchar Niemiec. Z kolei w sezonie 1990/1991 po raz pierwszy w karierze został mistrzem kraju, a jego dorobek w mistrzowskim sezonie wyniósł 23 mecze i 4 gole. Jesienią 1991 wystąpił w rozgrywkach Ligi Mistrzów, jednak „Czerwone Diabły” uległy w drugiej rundzie Barcelonie w dwumeczu. W Kaiserslautern grał do końca 1993 roku i wtedy też przeszedł do Bayeru 04 Leverkusen. W jego barwach po raz pierwszy wystąpił jednak w sezonie 1994/1995, a debiut w drużynie „Aptekarzy” miał miejsce 19 sierpnia przeciwko Kaiserslautern (0:1). W Bayerze Amerykanin spędził tylko jeden sezon i w 1996 roku przeszedł do FC Schalke 04 (debiut: 12 sierpnia w wygranym 1:0 meczu z 1. FC Köln). W 1997 roku jako rezerwowy sięgnął z Schalke po Puchar UEFA (nie wystąpił w finałowych meczach z Interem Mediolan). W Niemczech Thomas grał do jesieni tamtego roku i w Bundeslidze rozegrał łącznie 199 spotkań, w których zdobył 20 goli.