W 1524 roku Petrus Magni powrócił do Szwecji i objął diecezję Västerås. W okresie gdy przybył do ojczyzny w Królestwie Szwecji doszło do reformy kościelnej w duchu narodowym, a uznaniem wśród dworu królewskiego i duchowieństwa zaczął się cieszyć luteranizm. Po 1523 roku ambitny, młody król Gustaw I Waza, po zerwaniu na sejmie w Strängnäs unii kalmarskiej, aby umocnić swoją władzę zwołał w 1527 roku Riksdag do Västerås, na którym uzyskał od stanów szwedzkich zgodę na utworzenie Kościoła państwowego i wprowadzenie reformacji.
Petrus Magni podobnie jak reszta hierarchów szwedzkich początkowo był przeciwny uczynieniu króla głową Kościoła Szwecji i reformom kościelnym. Podpisał nawet tajny dokument, w którym przyrzekał posłuszeństwo papieżowi i doktrynie katolickiej. Zastraszony obawą o własne życie ugiął się jednak przed autorytaryzmem władcy. Na polecenie króla bez uprzedniego uzyskania zgody Stolicy Apostolskiej, 6 stycznia 1528 roku konsekrował nominatów na ordynariuszy diecezji: Åbo, Skara i Strängnäs. Kilka dni później 12 stycznia 1528 roku uczestniczył również w koronacji Gustawa I Wazy, która usankcjonowała symbolicznie suwerenność Szwecji od Danii.