Protestantyzm reprezentuje: Kościół Ewangelicko-Augsburski, Kościół Ewangelicko-Reformowany, Kościół Ewangelicko-Metodystyczny, Kościół Chrześcijan Baptystów, Kościół Adwentystów Dnia Siódmego, Kościół Boży, Kościół Boży w Chrystusie, Kościół Ewangeliczny „Misja Łaski”, Kościół Zielonoświątkowy w RP, Kościół Wolnych Chrześcijan, Chrześcijańska Wspólnota Zielonoświątkowa, Kościół Ewangelicznych Chrześcijan w RP, Wspólnota Chrześcijańska „Golgota”, Kościół Chrześcijan Dnia Sobotniego, Ewangeliczna Wspólnota Zielonoświątkowa i Kościół Remonstrantów Polskich.
Działają również Świadkowie Jehowy, Świecki Ruch Misyjny „Epifania”, Zrzeszenie Wolnych Badaczy Pisma Świętego i Kościół Jezusa Chrystusa Świętych w Dniach Ostatnich.
Działalność prowadzi Gmina Wyznaniowa Żydowska w Krakowie i Beit Kraków oraz Liga Muzułmańska, Szkoła Zen Kwan Um w Polsce, Sanga Zen uczniów Mistrza Kaisena, Wspólnota Buddyjska Triratna, Związek Buddyjski Tradycji Karma Kamtzang i Buddyjski Związek Diamentowej Drogi Linii Karma Kagyu.
Administracja i polityka thumb|Gmach Małopolskiego Urzędu Wojewódzkiego w Krakowie mały|Logo województwa