Drugą główną dziedziną twórczości Stanisława Bukowskiego była architektura sakralna i użyteczności publicznej. W Białymstoku zrealizowano według jego projektów gmach Zarządu Miejskiego przy ul. Branickiego 9 (1947), przebudowę drewnianej kaplicy na cmentarzu św. Rocha (I. 40 XX w.), modernistyczną świątynię w białostockiej dzielnicy Dojlidy (projekty wnętrz wspólnie z żoną, 1947–1955), kamienicę przy Rynku Kościuszki 22 (I. 40 XX w.), rozbudowę kaplicy przy ul. Poleskiej 42 (k. I. 40. XX w.), gmach Ośrodka Wyszkolenia Pożarnictwa przy ul. Lipowej 32 (1950), ambulatorium szpitala św. Rocha przy ul. Antoniuk Fabryczny 45 (ok. 1957), socrealistyczny gmach KW PZPR, tzw. Dom Partii przy Placu Uniwersyteckim (1951–1952) i Hotel Miejski (ob. „Cristal") przy ul. Lipowej 3 (1951–1954).
Pozostałe zrealizowane projekty poza Białymstokiem to: kościół w Chodorówce Nowej (1946–1952), kościół we wsi Granne (1948–1962), kościoły w Przytułach (1950–1955) i Niemyjach Nowych (1950–1961), dom organistowski we wsi Jałówka (I.