W okresie pory suchej wyspy opływają chłodne wody Prądu Peruwiańskiego a temperatura wody w zatoce Bahía de la Academia wyspy Santa Cruz wynosi 22 °C. Na wyspach dochodzi do inwersji termicznej i inwersji opadów. Podczas pory suchej powietrze przy morzu jest chłodniejsze niż w wyższych partiach, a na wysokości 500–1000 m formują się stratocumulusy przynoszące zamglenie nazywane z hiszpańskiego garúa (stąd nazwa pory suchej). Powietrze wilgotne kumuluje się na wysokości 300–600 m n.p.m. i jedynie wyższe partie wysp otrzymują opady. Północne stoki wulkanów pozostają poza strefą opadów. Opady deszczu w zatoce Bahía de la Academia w okresie od sierpnia do października wynoszą średnio mniej niż 10 mm.
W okresie pory deszczowej, kiedy pasaty tracą na sile, do wysp docierają cieplejsze wody z basenu panamskiego. Temperatura wody w zatoce Bahía de la Academia osiąga 25 °C. Napływ cieplejszej wody przełamuje inwersję opadów, a warunki na wyspach stają się bardziej tropikalne.