Do zbrodni Kajínek jednak nigdy się nie przyznał, ani w trakcie przesłuchań, ani przed sądem w Pilźnie, podczas trwającego przez ponad 4 lata procesu. Przed sądem zeznawało 56 świadków i 10 biegłych sądowych. Głównym świadkiem oskarżenia był V. Pokoš, który podtrzymał swoje zeznania, wskazujące na Kajínka jako sprawcę morderstw. 23 czerwca 1998 Kajínek został skazany na dożywotnie pozbawienie wolności. Wyrok sądu wraz z uzasadnieniem liczył 130 stron.
Działalność przestępcza Jiŕi Kajínek miał pierwsze problemy z prawem w 1974 jako nieletni. Do więzienia trafił w 1982 za włamania do domków letniskowych. W 1985 ponownie został skazany na 11 lat; za włamania, nielegalne posiadanie broni, pobicie policjanta i kradzież radiowozu. Po amnestii z roku 1990 wyszedł na wolność, lecz wkrótce otrzymał kolejny wyrok: 7 lat za włamania.
Ucieczki 18 stycznia 1993 Kajínek otrzymał kilkudniową przepustkę z więzienia, z której już nie powrócił, a 4 miesiące później miał popełnić zarzucane mu zabójstwa, za które został później skazany na dożywotnie pozbawienie wolności. W lipcu 1994 uciekł z aresztu w Czeskich Budziejowicach, został jednak schwytany tego samego dnia nad pobliską rzeką. 11 września 1996 próbował uciec z więzienia w Valdicach.