Do bazyliki przylegają trzy kaplice: do prezbiterium wybudowana w latach 1658–1667 w stylu barokowym, przechodząca w rokoko, kaplica Zebrzydowskich, w której umieszczono cudowny wizerunek Matki Bożej Kalwaryjskiej, do chóru zakonnego kaplica św. Antoniego Padewskiego z 1687 r. oraz do nawy kaplica Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Panny Marii z 1749 roku.
Przed bazyliką wybudowano w latach 1927–1932 kamienne schody prowadzące na Plac Rajski, ujęty z dwóch stron krużgankami z podcieniami filarowymi oraz konfesjonałami. Z przodu ogrodzenie z figurami świętych franciszkańskich. Na placu umieszczono dwie kolumny z posągami św. Franciszka oraz św. Antoniego.
1 grudnia 1999 r. Komitet Światowego Dziedzictwa UNESCO, na posiedzeniu w Marrakeszu (Maroko), postanowił wpisać manierystyczny zabytkowy zespół architektoniczno-krajobrazowy i pielgrzymkowy (bazylikę, klasztor i Dróżki) w Kalwarii Zebrzydowskiej na listę światowego dziedzictwa Kultury i Natury.
Matka Boża Kalwaryjska
Obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem został podarowany przez Stanisława Paszkowskiego z Brzezia Paszkowskiego w 1641 roku. Od w 1667 roku znajduje się w kaplicy przy południowej ścianie kościoła, ufundowanej przez Michała Zebrzydowskiego. Obraz został koronowany 15 sierpnia 1887 przez kard.