Twórca audycji „Minął miesiąc” emitowanej do 28 kwietnia 2013 raz w miesiącu na antenie Radia Maryja i Telewizji TrwamDlaczego prof. Jerzy Robert Nowak zniknął z TV Trwam?, www.blogpress.pl..
Był także komentatorem wydarzeń politycznych na antenie Telewizji Republika, głównie w programie „Polityczna kawa” Tomasza Sakiewicza. Ze stacją rozstał się w 2014, gdy kierowanie nią przejął Tomasz Terlikowski, którego często krytykował za podejście do sprawy lustracji duchownych, czy ocenę Radia Maryja. Podobnie w negatywnym tonie wypowiadał się wielokrotnie o późniejszej redaktor naczelnej telewizji Dorocie Kani, która opisała jego rzekomą współpracę ze Służbą Bezpieczeństwa w latach 70.
Na przełomie sierpnia i września 2007 w „Naszym Dzienniku” ukazał się trzyczęściowy dodatek pt. „Ukryte oblicze mediów”, w którym Nowak dowodził, że większość mediów wykorzystywanych jest do walki z Kościołem katolickim. Pierwszą część dodatku współtworzył wraz z biskupem Adamem Lepą i dziekanem WSKSiM w Toruniu Pawłem Pasionkiem. Pozostałe części pisał już samodzielnie. Na podstawie tych publikacji w październiku 2007 ukazała się książka autorstwa Jerzego Roberta Nowaka Walka z Kościołem w mediach. Biała księgaWywiad z Jerzym Robertem Nowakiem o mediach i książce „Walka z Kościołem w mediach.