W tym czasie franciszkanie nie dysponowali jeszcze odpowiednimi środkami finansowymi, by podjąć się realizacji tak dużego przedsięwzięcia.
Plany budowy udało się przygotować i zatwierdzić w grudniu 1938 r. w Warszawie. Wynajęta firma przeprowadziła analizę gruntu, na którym miał stanąć kościół. W maju 1939 r. poświęcono krzyż pod budowę i wykopano fundamenty. Rozpoczęte prace przy zalewaniu fundamentów przerwał wybuch wojny we wrześniu 1939 r. Zgromadzone materiały budowlane (głównie drewno) zostały zrabowane przez hitlerowców w grudniu 1939 r. thumbtime=1|thumb|Widok na prezbiterium i południowy transept bazyliki mały|Wielkanocny wystrój nawy głównej mały|Procesja na Boże Ciało (czerwiec 2025) wyruszająca z bazyliki mały|Ambona z marmuru z Toskanii mały|Wieża bazyliki i klasztorny staw
Budowa i wyposażanie kościoła Po wojnie klasztor, tak jak cała Polska, z wolna dźwigał się ze zniszczeń. Powrócono do pomysłu budowy kościoła, a przygotowanie projektu zlecono krakowskiemu architektowi – inż. Zygmuntowi Gawlikowi. Budowę rozpoczęto pod koniec kwietnia 1948 r., wykorzystując i przebudowując częściowo zachowane fundamenty sprzed wojny. Chętnych do pomocy nie brakowało, toteż prace szybko posuwały się naprzód.