Witraże w oknach naw bocznych, przedstawiające Matkę Bożą w tajemnicy Chrystusa oraz tajemnicy Kościoła, zaprojektowane zostały przez Łukasza Karwowskiego.
Pod prezbiterium ulokowano kaplicę Matki Bożej Częstochowskiej, gdzie w późniejszym czasie uruchomiono Panoramę Tysiąclecia Chrześcijaństwa w Polsce. Około 140 drewnianych figur, prezentujących postacie z historii Polski (od Piasta do Jana Pawła II), defilowało przed figurą Matki Bożej Częstochowskiej na tle muzyki i stosownego komentarza. Figury wykonali bracia Felicissimus Sztyk i Włodzimierz Błaszczyk. Dla grup zagranicznych komentarz narratora został przygotowany również w językach: angielskim, niemieckim, francuskim i włoskim.
Pierwszą Mszę w kościele – będącym jeszcze w stanie surowym – odprawiono w dniu 8 grudnia 1949 r. Nieco później, w czerwcu 1950 r. na mocy dekretu kard. Stefana Wyszyńskiego w Niepokalanowie powołano do życia parafię, liczącą obecnie (stan na 2022 r.) ok. 7500 wiernych. Przybywający do Niepokalanowa pielgrzymi już od pobliskiej stacji kolejowej widzieli, że Niepokalanów oczekuje na nich w nowej świątyni. W październiku 1954 r. biskupi: Wacław Majewski oraz Karol Niemira konsekrowali kościół pod wezwaniem Matki Bożej Niepokalanej Wszechpośredniczki Łask w Niepokalanowie. Uczynili to w zastępstwie kard.